在種植菇類時，也難免出現病蟲害的問題，比如發菌時有可能會遇到雜菌污染的問題，所以平時的工作就應該以防為主，防治并重的病蟲害防治原則，避免出現很多不必要的問題。
在食用菌生產中，除制種階段外，首當其沖的就是菌袋發菌期間的污染預防問題， 一般應采取以下措施：
，調配基料營養的全面均衡，為食用菌菌絲提供豐富的營養基礎，確保其營養平衡、健壯有力；建議使用三維精素調配基料。
第二，清理菇棚外的環境，并噴施賽百09及多菌靈等，以殺滅或抑制雜菌。第三，提前處理菇棚（發菌場所），根據環境以及菇棚上批栽培的發病等情況，一般可使用300倍百病傻和200倍賽百09各噴施一遍，并予曬棚處理。
第四，平時就應該對于發菌場所實行保溫控濕的措施，這樣能夠菌絲的正常健康發展。
第五，發菌期間，每3~7天噴灑一遍殺菌，使用百病傻和賽百09進行噴施要交替著進行，這樣可以有效地防止雜菌出現耐藥性而繼續生存。在此同時還要間隔噴施氯氰菊酯類，能夠預防害蟲的傳播。
第六，發現污染菌袋，隨即剔出棚外，進行單獨處理，勿使繼續滯留棚內造成蔓延。