有些農民朋友感覺埋施秸稈后就不敢再追肥了，怕有副作用產生，其實秸稈埋入還可追肥，，并且還要增加前期追肥量。棚內埋施秸稈，可以作為很好的有機肥，養分含量全、肥效、疏松土壤，能夠明顯減少化肥等的用量。但在秸稈埋入后，部分菜農不敢追肥，怕將生物菌殺死，甚至直到年后才開始沖肥，這種認識是錯誤的。因為秸稈分解釋放養分需要的時間很長，到黃瓜生長中后期才能夠為根系提供較多的營養。在秸稈分解前期，生物菌開始大量繁殖時，需要吸收較多的氮素，所以要及時補充含氮肥料。
玉米秸稈的碳氮比大約為65-85∶1，而適宜秸稈分解的碳氮比約為25：1。若不在秸稈中補充氮肥等，秸稈分解速度就會大受影響，而且在分解前期還需要從土壤中吸收大量的氮元素，這常會造成土壤中氮元素的暫時性缺失，容易導致黃瓜幼苗定植后出現缺肥黃化，不利于幼苗發育。因此，在埋施秸稈前期，要注意適當增施氮肥，調整秸稈碳氮比，促使生物菌快速繁殖，更快地發揮秸稈的效果。
很多菜農往往就是因為一些細節上不注意，導致生物秸稈反應堆的效果大打折扣，費力不討好。建議菜農使用該技術前一定要深入了解，規范操作，才能發揮其優勢。