每批次的栽培收菇后，都要對菇棚來進行一次的用藥消毒，這樣才能下一批的種植品質，這是前提，必須的前提條件，以下是步驟可參考：
步，廢菌棒清理出棚以后，另行處理。
第二步，根據下一批的栽培模式，整理地面。
第三步，檢查并休整菇棚，包括防蟲網、棚膜、草苫等。
第四步，對棚內灌水使之濕透20厘米以下，同時隨水灌入辛硫磷，200平方米一瓶（500毫升）。
第五步，2-3天后，棚內可以進入時，地毯式噴灑300倍百病殺溶液一次，每次用藥后，打開草苫，令其暴曬即可。
第六步，2天后，按每平方米50克左右的用量撒施石灰粉，待粉塵落定后，即可將播種后的菌袋移入進入發菌期，或將完成菌絲后熟培養的菌袋移入，進入出菇管理階段。