防治青椒的病害還是要靠殺菌劑來幫忙的，青椒一般會存在三種常見的病害，以下是具體的方法：
青椒疫病的防治：此病是青椒種植中的主要病害，嚴重時可能會導至整片死亡。此病危害是辣椒的各個部位，造成葉、果青枯、軟化腐爛，且病部有灰白色霉層。此病如果在初發期的殺菌劑可選用40%乙膦鋁可濕粉200倍，或64%殺毒礬M8可濕粉400-500倍，或使用70%百菌清可濕粉600倍液噴霧防治。
青椒炭疽病的防治：這種病在青椒的生長各個時期都有可能發病，主要是葉片和果實被侵害。及時觀察如果出現病情，可用70%的甲基硫菌靈可濕粉500-600倍液，或50%多菌靈可濕粉400-600倍液，或25%乙蒜素可濕粉750-1000倍液等殺菌劑來進行防治。
青椒軟腐病的防治：軟腐病出現時要噴灑72%農用鏈霉素4000倍液，或新植霉素4000倍液，或77%可殺得500倍液，效果都非常不錯。