猴頭菇栽培中，常出現畸形怪狀菇體，直接降低商品價值和影響生產者經濟效益，因此成為生產中的一個難點。究其原因主要是栽培管理生態失控。這里介紹畸形菇類型、形態、發生原因及避免措施。
1.光禿無刺型菇體呈簇狀分枝，個體肥大，表面皺縮粗糙，無刺毛，肉質松脆，略呈黃褐色，香味正常。發生原因主要是溫度偏高，濕度偏低，籽實體水分蒸發量過大，而濕度又沒及時跟上，致使不長刺毛，形成光禿菇。預防辦法：注意控溫保濕。野外菇床栽培的，當氣溫超過25℃時，應早晚揭開蓋膜通風，白天把兩頭蓋膜打開，使其透氣。畦溝灌水降低地溫，空間噴灑霧化水增加濕度，保持空氣相對濕度90%以上，并把遮蓋物加厚，減少陽光透射，降低水分蒸發。
2.珊瑚叢集型菇體基部多次分枝，形似珊瑚，明顯可看到一條似根狀的菌索與培養基相連。這種籽實體有的在出菇期就死亡，有的能繼續生長發育，小枝頂端不斷膨脹，形成多個狀態的小籽實體。其原因主要是二氧化碳濃度過大，刺激菌柄不斷分化，抑制中心部位的發育，致使形成不規則的珊瑚狀。也有的是因為培養料中含有芳香化合物殺菌物質，使菌絲生長受到抑制或刺激。預防辦法：①加強通風換氣，改善環境條件。②選擇培養料時，注意剔除杉、松、樟、楊槐等含殺菌物質的樹木。③已形成珊瑚狀的籽實體，在幼小時將它連同表面培養料一起刮掉，然后再進行培養，可照常出菇。
3.色澤異常型菇體色澤變黃，菌刺短而粗；有的籽實體發紅色，或幼菇開始萌發到成熟均呈粉紅色，其菇體味苦。此類色變的原因，主要是溫度偏低。常因秋冬季栽培，氣溫突降，籽實體發育生長階段低于10℃，菇體便發紅，并隨著氣溫下降，色澤加深。有的因通風時，籽實體受到直流風刺激，菇體萎黃。對色變的菇，應區別病因對癥處理。因低溫引起的，則在安排接種時，就要考慮到接種后25天左右，當地氣溫以不低14℃為妥，以此為界往前推算佳接種期，即可回避低溫為害。升溫辦法：野外畦栽可把塑料薄膜蓋嚴密，中午氣溫高時通風，并把遮蓋物拉開，引光增溫，同時盡量避免通風直吹菇體上，或在風口處的菇袋上加蓋濕紗布。
4.萎縮霉爛型菇體前期長勢正常，生長期中間刺毛萎倒，菇體皺縮。有的菇體變褐發霉。前者常因溫度過高，空氣干燥，明顯缺水，以致停止生長；逐漸萎縮干枯。應及時噴水，微量噴霧在菇體上使其恢復。如發現菇體霉爛的，則為病害或霉菌侵染，應加強通風，降溫。已出現霉爛的要及時挖除，并局部涂抹3%的漂白粉水或1%石灰水，控制雜菌蔓延。