小麥全蝕病在苗期和成株期均可發病，以近成熟時病株癥狀為明顯。幼苗期病原菌主要侵染種子根、莖基部，使之變黑腐爛，部分次生根也受害。病苗基部葉片黃化，心葉內卷，分蘗減少，生長衰弱，嚴重時死亡。
病苗返青推遲，矮小稀疏，根部變黑加重。拔節后莖基部1-2節葉鞘內側和莖稈表面在潮濕條件下形成肉眼可見的黑褐色菌絲層，稱為“黑腳”，這是全蝕病區別于其他根腐病的典型癥狀。重病株地上部明顯矮化，發病晚的植株矮化不明顯。由于莖基部發病，植株早枯形成“白穗”。田間病株成簇或點片狀分布，嚴重時全田植株枯死。
一、病害發生規律：病菌主要以菌絲體隨病殘體在土壤中越夏或越冬，成為第二年的初侵染源。存活于未熟腐有機肥中的病殘體也可作為初侵染源。以寄生方式在自生麥苗、雜草或其他作物上的全蝕病菌也可以傳染下一季作物。上述各類初侵染源中以病殘體上的菌絲作用。子囊孢子落入土壤后，萌發和侵染受到抑制，雖能導致一定發病，但其作用遠不如病殘體中的菌絲重要。小麥全蝕病菌為土壤寄居菌，病原在土壤中存活年限因試驗條件和方法不同其結果也不一致，從1-2年至3-5年不等，一年輪作可使病害減輕。
此病是一種土傳病害，施用帶有病殘體的未腐熟的糞肥也可傳播病害。田間澆水、翻耕犁耙等導致病菌在較近距離的擴散。關于種子傳病及新病區發病的初傳染源，一直存在爭論。所謂“種子傳病”，一般是指種子間混雜的病殘體的傳病作用。將病殘體混入種子或將收集的種子夾雜物混入土壤能夠引起發病。但生產用種子中混雜的病殘體數量很少，以病區生產用種作傳病試驗并沒成功。無病區禁止從病區調運種子。
二、發病條件
1、耕作措施：小麥-玉米-小麥連作有利于土壤中病原菌積累，病害逐年加重。合理耕作能減輕發病，但輪作不當則不一定減輕發病。實施免耕或少耕，降低土壤的通氣性，能減輕發病。早播較適期遲播發病重。
2、營養因素：主要營養元素缺乏有利于全蝕病發生，但營養元素對全蝕病發生的影響較為復雜，一般認為土壤缺氮引起全蝕病嚴重發生，施用氮肥后全蝕病嚴重度降低。也有報道稱施用銨態氮（NH4-N）能減輕小麥發病，加重春大麥發病；施用硝態氮（NO3-N）能增加全蝕病菌的侵染，降低產量。增施有機肥，提高土壤中有機質含量能明顯減輕發病是非常明確的。土壤中嚴重缺磷或氮磷比例失調是全蝕病危害加重的重要原因之一。施用磷肥能促進植物根系發育，減輕發病，減少白穗，保產作用明顯。鈣等其他營養元素對病害也有一定的影響。
3、土壤性質及溫濕度：沙土保肥水能力差，利于發病。黏重土壤，病害較輕。偏堿性土壤發病重于中性或偏酸土壤。冬麥區冬季溫暖、晚秋早春多雨發病重。水澆地比旱地發病重。夏季高溫多雨有利于田間病殘體的腐熟，降低菌量，能減輕冬麥發病。
4、品種抗病性：目前國內外均缺乏抗全蝕病的品種，小麥屬和大麥屬也缺乏可利用的抗源，僅在感病程度上有差異。
三、病害控制及防治措施
1、合理輪作：重病區輪作倒茬可控制全蝕病危害，零星病區輪作可延緩病害擴展蔓延。輪作應因地制宜，堅持1-2年與非寄主作物輪作一次，如花生、煙草、蕃茄、甜菜、蓖麻、綠肥等。
2、平衡施肥：增施有機底肥，提高土壤有機質含量，每畝施用腐熟有機肥6000公斤左右。無機肥施用應注意氮、磷、鉀的配比，土壤磷達0.06%、全氮含量0.07%、有機質含量1%以上，全蝕病發展緩慢；磷含量低于0.01%發病重。
3、生物防治：對全蝕病衰退的麥田或即將衰退的麥田，要推行小麥兩作或小麥玉米一年兩熟制，以維持土壤拮抗菌的防病作用。
4、藥劑防治：用12%三唑醇可濕性粉劑按種子重量0.02-0.03%拌種，防病效果較好。2.5%適樂時種衣劑按1：1000包衣處理，對小麥全蝕病有一定防效。苗期每畝可用20—30克12.5%禾果利或50%多菌靈500克，對水200公斤，沿壟噴莖基部。