目前煙草病蟲害種類多，往往需要同時防治幾種病或蟲，甚至病蟲兼治，為了節省打藥時間，常常把幾種農藥混合使用。在混用農藥時，應充分了解每種農藥的性質以及農藥之間混用的可能性，否則容易降低藥效甚至產生藥害。
一、農藥混用后，應以能提高藥效為原則
目前人們普遍關注煙葉性，注重農殘監測。因此，煙草用藥必須特別慎重。應選擇高效、低毒、少殘留的藥劑科學地混用。一般來說，殺蟲劑和殺菌劑可以混用。如殺菌劑農用鏈霉素、多菌靈、甲基硫菌靈等可與菊酯類、吡蟲啉類殺蟲劑混用。以上混合方式，不僅可以防治煙草的多種病害，還可殺滅多種害蟲，而用藥量比單獨用藥有所減少，可謂事半功倍。
二、農藥混用后，藥劑化學性質和物理性狀應不發生變化
即混合后的藥劑不允許出現沉淀、結絮或乳油層被破壞；粉狀藥劑混合后，不允許出現變粘、成團、結塊等現象，否則會降低藥效或失效。一般來說，堿性農藥不能與酸性農藥混合，以免酸堿中和而失效；但同樣是酸性（或堿性）的農藥則可以混合，并做到隨混隨用。如波爾多液、菌核凈等堿性農藥不能與代森鋅、有機磷類、菊酯類、吡蟲啉類殺蟲劑等混合使用。因此，現在煙草上常見的農藥如敵百蟲、樂果、氯氰菊酯、殺滅菊酯、代森鋅、托布津、福美雙、多菌靈、百菌清、瑞毒霉、乙磷鋁等都可以根據防治病蟲的需要混合使用。
三、農藥混合后，不應產生藥害
如含砷的農藥不可與鈉鹽、鉀鹽混用，波爾多液不可與石硫合劑混合，否則會發生死苗或枯葉凋萎。
四、農藥混合后，應不增加農藥的毒性
一般是采用低毒性農藥相互混合這樣不容易增加毒性，而高毒或劇毒農藥混合，則容易增加毒性，切不可盲目混用。在煙葉采收前15天，無論哪種農藥都不能施用。
五、在農藥混用時應注意濃度的計算，不能搞錯
有的人把1000倍的甲藥與1000倍的乙藥分別配好后再混合一起，當作1000的甲、乙藥使用，其實混合后甲、乙兩種農藥的稀釋倍數已不是l000倍，而是2000倍了，應該在配成1000倍所需用的水量中包括1份甲藥和1份乙藥。如：50公斤水加50克甲藥和50克乙藥，則為1000倍的甲、乙混合藥。