秸稈腐熟劑是由多種具有秸稈腐熟功能的微生物與生物酶組成的，使用害、無污染。將腐熟劑加入秸稈中，能在的較短時期內將粗纖維等有機質分解。其中所含的一些微生物具有生物菌肥的作用，使腐熟秸稈還田后培肥土壤，改良土壤生態，增強土壤透氣性，緩解土壤板結與鹽堿危害、利于作物生長，葉有利于抑制土壤中致病菌，減輕土傳病害發生。如何使用秸稈腐熟劑才能取得的效果呢？關鍵是抓住“水足、藥勻、封嚴”這三個要點。
1.水足。干秸稈先壓扁或盡量切成小段（5-10cm），按秸稈重量的2倍加水浸泡，把秸稈浸透。可根據秸稈吸水性能有所調整，鮮秸稈本身含水量很高，基本不需要再加水。使秸稈含水量達到65%（把秸稈抓起用手握緊，有水滴滴下即可），這是堆肥成敗的關鍵。
2.藥勻。按規定用量加入腐熟劑，一般為秸稈重量的0.1%-0.5%，另加秸稈干重2%的尿素或5%的碳酸氫銨調節碳氮比，加速發酵。堆肥分3層，、二層各厚60厘米，第3層厚30-40厘米，分別在各層均勻撒上腐熟劑和尿素（或碳酸氫銨），配成溶液潑灑，用量比自下而上為2∶1∶1。
3.封嚴。將秸稈堆垛成寬2米，高1.5-1.6米的草垛，并用锨輕輕拍實（不可用腳踩），用塑料薄膜或泥封堆，若封泥泥厚2厘米左右，一定要封嚴，以防水分蒸發太快和堆溫擴散、氮素損失，降低腐熟肥的質量。用腐熟劑堆垛與自然降解相比，有使用方便、成本低、滅除病原菌、養分含量高、腐熟時間短（因秸稈種類而異，一般10-30天，鮮秸稈比干秸稈腐熟快）的特點。
施用秸稈腐熟劑堆制的肥體積小、重量輕，便于運輸。肥料腐熟程度較高，有機質及養分含量高，肥效長久，主要用做蔬菜基肥，一般視情況每畝施用500-1000公斤成肥，并根據作物需要配施大量元素化肥和微量元素肥料，有機無機配合施用，可提高肥料利用率，改良土壤。