隨著人們對環境問題的重視，微生物農藥作為綠色無污染的農藥進入人們視線。雖然說微生物農藥是綠色無污染的，但是使用的時候也是有一些注意事項的。
要避免施用時溫度過低。
有些農戶在施用微生物活體農藥時，不注意環境因素，不選擇氣溫較高的天氣條件下施用，甚至在冬天和早春寒冷的天氣條件下施用，故沒有達到預期的防治效果。這是因為，生物農藥施用時都要求較高的溫度。試驗表明，在25-30℃之間，噴施后的微生物活體農藥防治效果要比在10-15℃之間的高出1-2倍。
第二要避免在干燥的天氣下施用。
如晴天上午10點鐘到下午4點鐘前等高溫干燥的天氣條件下施用，效果都不佳。這主要是因為環境濕度不夠所致。因此，選擇陰天、雨后或早晨等濕度大時施用。
第三要避免強太陽光。沒有避開高溫、強太陽光的中午施用，引起藥效下降。
微生物活體農藥，怕強太陽光照射。太陽光中的紫外線對芽孢有著致命的殺傷作用，而且紫外線的輻射對伴孢晶體還能產生變形降效作用，因此要選擇在下午4點鐘以后或者陰天施用，發揮效果更好。
第四要避免施用后遭大雨沖刷。
芽孢怕大暴雨沖刷，因為暴雨會將噴施的菌液沖刷掉。如果噴施后（5-6小時后）遇到小雨，不但不會降低藥效，反而可提高防效作用，因為小雨對芽孢發芽大為有利，害蟲一旦食后會加速其死亡。所以要根據天氣預報確定施用時間。
第五要避免與殺菌劑混用。
如塊狀耳霉菌，作為一種真菌殺蟲劑，藥效是通過塊狀耳霉菌的活孢子作用來實現的。施用后活孢子侵染蚜蟲并致死，可持續傳染，引起群體大量死亡。但作為一種活體真菌，如果與殺蟲劑混用，它們被殺菌劑致死，自然失去殺蟲作用。