農藥施用后，一部分殘留于枝葉及果實表面，一部分滲透到果樹角質層或組織內部造成不同程度的藥害。急性藥害可使葉片、果實出現斑點、黃化、失綠、枯萎、卷葉、落葉、落果、縮節簇生等;慢性藥害可使果樹光合作用減弱、花芽形成延遲、果實成熟延遲，味道、色澤惡化，甚至導致果樹死亡等。
農藥對土壤的影響果樹施藥后部分農藥直接進入土壤，被土壤顆粒吸附；大氣中的殘留農藥和果樹上的農藥經雨水淋洗落入土壤中直接或間接地與土壤微生物接觸，殺滅土壤微生物，從而影響土壤的腐熟和透氣性，破壞土壤團粒結構，降低土壤肥力，影響果樹生長發育。
農藥對水與大氣的影響
噴灑的農藥一部分殘存在枯枝落葉或土壤中，通過降水沖刷或灌溉進入溝渠、池塘、湖泊、江河中污染水域，影響水生生物的生長發育。同時噴灑農藥時農藥顆粒隨風移動污染空氣。
農藥對果園昆蟲的影響
農藥在殺滅害蟲的同時也將天敵殺死，破壞了生物鏈及果園生態平衡，同時使害蟲產生抗藥性，導致害蟲種群數量急劇上升。有些次要害蟲由于天敵數量的急劇減少，很快發展成為主要害蟲。另外，大部分農藥對蜜蜂具有殺傷作用。
農藥對人畜的影響一方面，農藥在施用過程中可以通過呼吸道、皮膚、消化道直接進入人畜體內造成直接危害；另一方面，在果品、土壤、水中的農藥殘留通過飲食或食物鏈進入人畜體內，造成間接危害。