1、保護劑：在病菌侵入之前使用，無內吸作用，只控制病菌的萌發和侵入，能保護苜蓿免受侵染。苜蓿上常用的保護劑有如下種類
① 代森銨：45%水劑1000倍液噴霧可防治苜蓿霜霉病和苜蓿細菌性病害。
② 代森鋅：80%可濕性粉劑500～800倍液，或65%可濕性粉劑400～600倍液噴霧，對苜蓿霜霉病有顯著效果。
③ 代森錳鋅：70%可濕性粉劑配成600倍液可防治苜蓿霜霉病、褐斑病、銹病和黃萎病。
④ 波爾多液：用硫酸銅、生石灰和水按0.5:1:100配成的波爾多液可防治霜霉病。
⑤ 百菌清：70%、75%可濕性粉劑加水配成不同濃度的藥液，可防治褐斑病、銹病、黃斑病及霜霉病。
⑥ 敵克松：95%可濕性粉劑每畝用150～250克，加水噴霧或在苜蓿根頸周圍溝施可防治苜蓿絲核菌病。
⑦ 福美雙：50%可濕性粉劑500～750倍液噴霧，防治苜蓿黃萎病和褐斑病。
2、內吸殺菌劑：病菌侵入后使用，有內吸作用，控制病菌在苜蓿體內的擴展和蔓延。內吸殺菌劑能被植物吸收，并能在植物體內傳導，發揮殺菌作用。苜蓿上常用的內吸殺菌劑有如下種類：
① 粉銹寧：20%乳油分別配成1000～1500和3000～5000倍液噴霧可有效地防治苜蓿銹病和苜蓿白粉病。
② 甲基硫菌靈：用70%甲基硫菌靈可濕性粉劑1000～1500倍液可防治苜蓿褐斑病、白粉病、銹病、黃斑病及菌核病。
③ 乙磷鋁：40%可濕性粉劑稀釋成400倍液噴霧防治苜蓿霜霉病。
④ 苯菌靈：50%可濕性粉劑1500～2000倍液噴霧可有效防治苜蓿褐斑病、白粉病、黃斑病和絲核菌病。
⑤ 菌核凈：40%可濕性粉劑每畝100～150克加水70～100升，可有效地防治苜蓿菌核病。
⑥ 噻枯唑：25%噻枯唑可濕性粉劑每畝100～300克，對水噴霧，可有效防治苜蓿細菌性葉斑病。
⑦ 多菌靈：50%可濕性粉劑稀釋成750～1000倍液噴霧防治苜蓿黃萎病。
3、用藥注意事項：
① 對癥下藥 根據不同的病害來選擇合適的藥劑，才能收到良好的防治效果。如殺菌劑中的硫制劑只對白粉病菌有效，對霜霉病菌無效；殺菌劑中的銅制劑對霜霉菌有效而對白粉菌無效。
② 適時用藥 要根據不同苜蓿病害的發生特點和藥劑的性能，抓住有利時機，適時用藥。對于預防性的殺菌劑防治病害時，應在病菌未侵入植物之前使用，才能起到防病作用。在施藥前，對防治對象的危害程度、侵染過程及造成的損失，應進行調查和估算，這點對病害的防治是很重要的。為了提高防治效果，選擇合適的施藥時間尤為重要，如雨天、大風、高溫等天氣不宜施藥。
③ 正確用藥
劑量：針對不同病害，用藥劑量是經過反復試驗后總結出來的，所以使用時不應隨意減少或增加用量。藥量過少達不到防治目的，用藥量過多浪費成本，且有產生藥害的危險。
施法：應根據防治對象的為害特點和藥劑的種類、劑型特性，采用正確的施法和合適的施藥機具，如乳油劑、可濕性粉劑等都可用水制成懸液噴霧，而油劑則不能加水稀釋，用噴霧器進行噴霧。
用藥次數：根據農藥的殘效期長短、及病害的發生情況來決定用藥的次數。
④ 用藥。農藥如使用不當將對苜蓿產生藥害，發生藥害時植株出現生長減緩、畸形、葉斑、枯萎、落花、落葉等癥狀。為防止施用不當引起的人畜中毒，操作人員應穿戴好防護用具，使用性能好的施藥器械，操作時間不要過長，剛噴過藥的苜蓿草嚴禁家畜采食。還應注意保護蜜蜂和天敵的，許多農藥對蜜蜂有傷害作用，嚴禁在苜蓿開花期施用對密蜂有害的農藥。
⑤ 抗藥性的產生。許多殺菌劑在同一地區連續使用一段時間后，病菌就對其產生了抗藥性，因而防治效果顯著下降。為了克服此缺點，避免長期使用單一農藥，應混合用藥或輪換用藥。
⑥ 嚴禁使用禁用藥劑。對殘效期長、對人畜有毒、污染環境、國家已明令禁用的堅決不能使用。