黃瓜爛蔓的原因有很多種，其中蔓枯病、灰霉病、菌核病、炭疽病和細菌性軟腐病均會造成黃瓜莖蔓腐爛，應辨明病因對癥。
蔓枯病
黃瓜爛蔓大多由蔓枯病引起。蔓枯病在黃瓜莖蔓上的癥狀表現為，發病初期出現橢圓形或菱形白色病斑，有時會流出乳白色膠狀物，嚴重時莖蔓開裂，導致莖蔓腐爛。葉片也易染病，病菌開始從葉片邊緣侵入，向內發展，呈“V”字形，病斑淡黃色，有不清晰的輪紋，上面有很多小黑點。
黃瓜蔓枯病在溫度18℃至25℃、相對濕度85%以上時發生較重，田間不能積水。發病田塊應及早摘除病枝和病葉。
黃瓜進入開花結果期后，因果實膨大吸收了大量的營養物質，造成莖蔓細弱、葉片變薄，植株抗逆能力降低，易被病菌侵染。可以用80%福美雙可濕性粉劑或75%百菌清可濕性粉劑500倍液噴霧預防，每隔7天到10天1次，發病后用25%咪鮮胺乳油1000倍液噴霧。
灰霉病
灰霉病是黃瓜高發的一種病害，大多從殘花開始侵入，引起瓜腐爛。這些染病的殘花和爛瓜附著在莖蔓上，還會引起莖蔓腐爛，嚴重時造成莖蔓折斷，植株枯死。病菌能產生大量孢子，隨氣流傳播，病情較難控制。灰霉病在溫度20℃至23℃、相對濕度90%以上時易發生。可以用40%多菌靈可濕性粉劑或75%甲基硫菌靈可濕性粉劑500倍液噴霧預防，每隔7天到10天1次。
菌核病
莖蔓染病多在近地面的莖部開始發病，初期出現淡褐色水漬狀病斑，后期病莖軟腐，長出白色棉絮狀菌絲。病部的髓腔腐爛中空或開裂，后期菌絲密集形成黑色鼠糞狀菌核。菌核病發病的適宜溫度為24℃，相對濕度為85%以上，藥劑防治可以用50%乙烯菌核利水分散粒劑或50%腐霉利可濕性粉劑500倍液噴霧，或者用50%腐霉利煙劑熏棚。
炭疽病
主蔓和葉柄發病，病斑橢圓形、黃褐色、凹陷，嚴重時連接成片包圍主蔓，導致植株的部分或全部枯死。相對濕度在87%以上、溫度在24℃時，黃瓜炭疽病從侵染到表現出明顯癥狀只需3天時間，發病速度快。對未發病的植株，可以用保護性農藥殺菌劑如百菌清等藥防病。發病后，可以用25%溴菌腈可濕性粉劑（500倍液）或25%咪鮮胺乳油（1000倍液）混加80%福美雙可濕性粉劑（750倍液）噴霧防治。
細菌性軟腐病
初期染病莖蔓呈水漬狀，變褐色縊縮，葉片由下向上萎蔫，中午較嚴重，早晚可以恢復，全株凋萎死亡。剖開莖蔓用手擠壓有乳白色菌膿從維管束切面溢出，維管束一般不變色。
在管理過程中，應注意減少傷口產生。在澆水前落蔓，以免澆水后莖蔓含水量大，造成莖蔓折斷，使傷口增多，不易愈合。選擇晴天下午摘葉，摘葉后及時噴藥，降低病菌從傷口侵入的幾率，可以用72%農用硫酸鏈霉素可溶性粉劑1500倍液或3%中生菌素可濕性粉劑500倍液噴霧。加強肥水管理，減少根系損傷，增強植株抗病性。