烤煙苗常發(fā)的病害均是以防為首的，在農藥出手前要做好前期的消毒工作，在及時的清理病原，六種病害分別是：野火病、普通花葉病、根腐病、猝到病、野蛞蝓、蚜蟲和潛葉蠅。
烤煙漂浮育苗的病蟲害防治主要以預防為主，消除病源，控制發(fā)病條件。育苗前認真做好消毒工作，在育苗過程中嚴格工作人員和使用器材的消毒，基本不會發(fā)生病蟲害。如果發(fā)生病蟲害，及時將病苗全部，同時對其它煙苗進行防治。
1、野火病防治
漂浮育苗中容易出現野火病，采用噴灑農用連霉素進行防治。同時采用500萬單位青霉素+500萬單位連霉素+2%濃度的農用連霉素對剪苗器械進行消毒也可發(fā)很好的防治野火病的發(fā)生。
2、普通花葉病防治
烤煙漂浮育苗，特別是在長期育苗的棚中容易出現普通花葉病。普通花葉病很難防治，主要是防止病毒的感染與傳播，除做好消毒工作外，在剪苗過程中每剪一次苗就進行一次“植病靈”的防治，也可以用鮮牛奶和水以1：1的比例噴施進行預防。如已發(fā)現病株應及時整盤或整池，嚴禁移入大田。
3、根腐病防治
烤煙漂浮育苗要特別注意水的質量。如果水的質量不過關容易引起根腐病。而且剪根后要將盤底殘留的根系清洗干凈，剪去的殘根留在育苗池中也容易引起根腐病。防治方法：采用甲霜靈按800倍液兌在漂浮池中。
4、猝到病防治
煙苗的近地表處呈褐色水漬狀腐爛暗綠色的病苗成片幼苗倒伏死亡，在煙苗3片真葉前發(fā)病較重。發(fā)病初期在病苗的近地表處呈褐色水漬狀腐爛，病苗呈暗綠色。嚴重時成片幼苗倒伏死亡，似開水。采用減少苗床澆水數量，降低煙苗床濕度方法進行預防；發(fā)病初期，用58%甲霜靈錳鋅600倍液、50%甲基硫菌靈1000倍液等噴霧防治，間隔7天再噴施一次。
5、野蛞蝓防治
野蛞蝓屬于軟體動物，體光軟，全身褐色或灰褐色。晝伏夜出，爬過的地方留有白色痕跡。常取食煙苗心葉或生長點，造成缺刻、孔洞或生長點被毀，嚴重時造成大片煙苗死亡。在苗床周圍撒施生石灰阻止蛞蝓遷入煙苗為害，也可以用菜葉誘捕或用1千克粉碎油茶枯加水10公斤制成油茶枯浸提液噴施煙苗床進行防治。
6、蚜蟲和潛葉蠅防治
蚜蟲是烤煙生產整個過程中經常出現的蟲害。在苗期采用防蟲網可有效的防治蚜蟲和潛葉蠅的危害。如果由于管理不當產生蚜蟲和潛葉蠅的危害，采用90%的敵百蟲1000倍液、萬靈3000～4000倍液、50%的抗蚜威可濕性粉劑進行防治。