生活在溫室里的平菇總會出現這樣那樣的病。瘤蓋菇癥狀：菇體發育生長緩慢，菌蓋上出現顆粒或瘤狀突起物。發病嚴重時，菌蓋僵縮，菇質硬化，菇體停止生長發育。
防治：選擇中低溫型品種進行栽培，加強溫室保溫、增溫措施，控制好溫室出菇溫度。通常中溫型品種溫室出菇溫度應控制在８℃以上，低溫型品種應控制在２℃以上。
粗柄菇癥狀：在原基發生后，菌蓋分化和發育不正常，主要表現為菌蓋小、菌柄長且柄粗質硬，商品價值大大降低。
防治：低溫天氣，產菇的溫室在采取密閉式保溫防寒措施時，要注意在中午進行短時間的通風換氣，以確保溫室內氧氣的足量供應。
藍色菇癥狀：在菇體生長發育過程中，菌蓋邊緣產生藍色暈圈，嚴重時整個菇體如同被潑上藍墨水，甚至采收后也不消退。
防治：這是菇體一氧化碳中毒的癥狀，要及時將一氧化碳等有毒氣體排出室外。溫室增溫采用日光或暖氣增溫。