一、早疫病
發病后葉面具同心輪紋狀病斑，暗褐色，水漬狀。莖和葉柄、果實等發病后也有同心輪紋病斑，潮濕時病斑上有黑色霉狀物。
防治方法：發病前或發病初期噴施70%代森錳鋅可濕性粉劑500倍液、75%百菌清可濕性粉劑600倍液、64%殺毒礬可濕性粉劑500倍液、72.2%普力克水劑1000倍液，每7天1次，連噴3~4次。
二、葉霉病
果實發病時蒂部周圍有凹陷較硬的黑色病斑，葉片有不規則黃色病斑，潮濕時產生褐色霉層，使葉片枯黃、卷曲，然后脫落。
防治方法：發病前后可用70%代森錳鋅可濕性粉劑500倍液，每7天1次，連噴3~4次。
三、晚疫病
晚疫病是番茄的毀滅性病害，具有起病急、蔓延流行迅速的特點，一旦發病，若不及時合理防治，短時間內即可擴展至全棚導致拉秧。
受害葉柄和主莖呈黑褐色腐爛，幼苗萎蔫倒伏，病斑從葉尖葉緣開始，潮濕時有白色霉狀物，干燥時干枯，病斑由褐色轉暗褐色，水漬狀或云紋狀，稍凹陷，病果堅硬。
防治方法：發病時可用歐福萊噴霧防治，每7天1次。
四、灰霉病
苗期受害可造成莖葉腐爛，呈污綠色至灰褐色，表面密生灰霉。成株期葉片發病，一般從葉尖呈V型向內擴展，病斑擴展不受葉脈限制，潮濕時發展較快，上生灰綠色霉層。
莖部發病多由病葉葉柄擴展所致，花受害時花瓣及柱頭腐爛脫落，受害的柱頭常使幼果果臍染病。果實受害多始于果臍或果蒂，青果受害多。
果面上出現水浸狀褪色斑，漸擴大致全果腐爛，病部表面密生灰褐色霉層。
防治方法：定植前，用50%多菌靈可濕性粉劑500倍液噴淋幼苗，防止帶菌入棚。噴花時在藥液中加入防灰霉病藥劑，提早預防。
五、病毒病
在田間癥狀主要有6種，其中以花葉、蕨葉、條斑三種為常見。
花葉型：葉片上出現黃綠相間或深淺相間斑駁，葉脈透明，葉略有皺縮，病株比健株矮。蕨葉型：植株不同程度矮化，由上部葉片開始全部或部分變成絲狀，中、下部葉片向上微卷，花冠加長增大，形成巨花。
條斑型：可發生在葉、莖、果上，病斑因發生部位不同而不同。在葉片上為茶褐色病斑或云紋。在莖蔓上為黑褐色斑塊，變色部分僅處在表層組織，不深入莖、果內部。
防治方法：
1、殺蟲防病。重點防治蚜蟲、煙粉虱，切斷傳播途徑。可用10%吡蟲啉1500倍液或20%啶蟲脒乳油2000倍液或1.8%阿維菌素乳油1500倍液噴霧防治；在煙粉虱若蟲期，用25%噻嗪酮可濕性粉劑1000~1500倍液防治效果較好。
2、在發病初期，可用2%寧南霉素水劑500倍液，或病毒A500倍液噴霧，可有效抑制和減緩病毒病發生。
六、青枯病
秋番茄易得青枯病，一般從大量開花結果時開始發病。初發病時，葉片、嫩莖白天萎蔫，傍晚恢復正常，反復多日后，萎蔫癥狀加劇，整株呈青枯狀枯死，橫切病莖可流出白色菌液。
防治方法：發病初期用72%農用鏈霉素可溶性粉劑4000倍液，每株灌0.3-0.5升，8-10天灌一次，連灌2-3次，防治效果較好。