為害香蕉的害蟲，主要有香蕉象鼻蟲、弄蝶（蕉包蟲）、蕉蚜、紅蜘蛛、地老虎等。常見病害有軸腐病、花葉心腐病、香蕉枯萎病、束頂病、葉斑病、黑星病、眼斑病、香蕉炭疽病。種蕉的成功與失敗，主要使用農藥防治病蟲害，尤其種植試管苗，必須抓好病蟲防治，切實貫徹“以防為主，綜合防治”的方針，采取綜合防治措施。
防治香蕉病蟲的主要技術措施：
1、必須嚴格選擇不帶檢疫性病蟲的苗木。
如新會市香蕉試管苗基地所培養的試管蕉苗是按檢疫規程進行選擇吸芽培養、檢測。然后繁殖，有效地防止了花葉心腐病和束頂病。
2、重視防蟲防病。在老蕉區種植組培蕉苗，種植前，必須病株，噴施藥劑毒殺蚜蟲、薊馬。目前新的高效低毒藥劑有德國產的“凱撒”，用7500至10000倍噴殺或杭州宇龍化工產的“毒死威”500-1000倍噴殺。陶氏公司產的“樂斯本500倍，組培苗種植后，4—5月蚜蟲發生高峰期，特別要注意防治蚜蟲、薊馬、弄蝶。老蕉園在5—6月以“毒死威”1000倍灌莖防治象鼻蟲、弄蝶、斜紋夜蛾、地老虎、金龜子等害蟲。
3、選擇藥防治葉斑病：香蕉葉斑病是由五種病原菌為害引起表現葉斑。如果殺菌藥不能同時殺死五種病菌，僅殺死一、二種病菌，則其余病原菌有嚴重發生的危險，過去用的多菌靈、百菌清、托布津殺菌劑僅有殺死部分病菌作用，故不能解決防好葉斑病發生。近年引入宇龍化工有限公司產的“強力脫”殺菌劑，即有預防保護作用，又可殺死五種病菌作用。所以“強力脫”與“甲基保利特”配合使用，成本低、效果好。葉斑病發生前或始發時用“甲基保利特”500倍，隔7—10天噴一次，連噴多次，保護葉片。臺風或雨季改噴“強力脫”1500—2000倍，10—14天噴一次，連噴2—3次，有良好的的效果，保青葉、壯果實，提高產量。在抽蕾后，第二、三片苞片脫落時及摘花斷蕾時用“強力脫”噴果實，可有效地防治黑星病、炭疽病、軸腐病。苗期和幼果期噴藥時可加綠芬威葉面肥600倍噴施。也可加五百倍福佑靈混合使用，提高藥效。
4、采用高新技術，防寒保苗，促生長，護果壯果，達到高產優質。
據東莞、番禺、中山、湛江等地蕉農使用結果證明，臺灣產的福佑靈液臘，在苗期用300倍有防凍保苗和促進生長效果。高水位地方用400倍淋根有促進發根效果。湛江蕉農在全托果落花苞時和斷蕾時用300—500倍福佑靈噴施，可不用套蕉袋，即防了黑星病、且蕉果皮色濃綠，果質外觀好，提高價值10%以上的效果，達到節省人工、節省成本。
先將藥液兌成所用倍數，然后按福佑靈400至500倍需要量加進農藥液中，可提高藥效，延長藥效期的效果。
萬頃沙蕉農使用說明：如果多年連種香蕉，土壤板結，氮、鉀不易釋放，可用南韓產的“起土產”1000倍淋樹頭2次以上，可有效地促使氮、鉀分解，利用植物吸收，促進生長。