玉米在出苗到拔節的苗期，要進行很多項的工作，如要進行查苗補苗、間苗定苗和中耕追施，而防除病蟲草害則是重要的內容。
1、病害防治：玉米苗期的主要病害是腐霉菌、串珠鐮刀菌引起的猝倒病、苗枯病和根腐病等。防治猝倒病，可用10%適樂時水劑或5%寶50-100毫升玉米拌種子50公斤；當發現幼苗萎蔫或凋萎病株時，可用72.2%的普力克水劑500-800倍液、58%雷多米爾錳鋅可濕性粉劑500倍液或72%克露可濕性粉劑600倍液噴霧。防治病毒病，在發病初期用20%病毒克星500倍液和綠葉寶400-500倍液混合噴霧有一定效果，同時用氧化樂果乳油1500倍液或50%避蚜霧可濕性粉劑2500倍液噴霧防治蚜蟲和灰飛虱等傳毒害蟲。防治大斑病，用40%克瘟散或70%代森錳鋅可濕性粉劑600倍液噴霧。防治小班病，用50%多菌靈可濕性粉劑500倍液或70%甲基硫菌靈可濕性粉劑500倍液噴霧。
2、蟲害防治：玉米苗期害蟲主要有地老虎、黏蟲、蚜蟲、薊馬等。防治地老虎，出苗后用2.5%敵殺死乳油800-1000倍液在傍晚噴灑苗行，或0.05%毒砂撒苗行兩側。防治蚜蟲，用40%樂果乳油1000-1500倍液噴灑苗心，或用40%氧化樂果乳油、50%馬拉硫磷乳油、25%亞胺硫磷乳油1000倍液噴霧，可兼治薊馬、瑞典稈蠅和飛虱等害蟲。防治黏蟲，為害套種玉米的是2代黏蟲，為害夏直播玉米的是3代黏蟲，可用90%晶體敵百蟲、40.7%樂斯本乳油1000-1500倍液或20%速滅殺丁乳油、50%辛硫磷乳油1500-2000倍液噴霧。
3、雜草防除：化學除草要嚴格選擇除草劑，準確控制用量。⑴玉米3-5葉期，每畝用50%乙草胺乳油80-100毫升，或33%除草通乳油100-150毫升對水40-50公斤，噴灑行間地表。⑵玉米4-6葉期，每畝用40%莠去津膠懸劑150-200毫升，或72%2，4-滴丁酯60-80毫升，80%草凈津可濕性粉劑100-200克，20%使它隆乳油70-90毫升，75%闊葉散（闊葉凈不太）干懸浮劑1-2克，對水40-50公斤定向噴霧。商品阿特拉津每畝用300克對水40-50公斤定向噴霧。注意噴霧時噴頭上要加防護罩，避免噴到玉米心葉發生藥害。
4、災后補救：⑴雹災，玉米苗期遭受雹災一般不需重新播種，要及時排除積水，中耕松土，早追氮、磷、鉀肥，促苗發育。⑵芽澇，主要是疏通溝渠，排除積水，中耕松土，散墑通氣；早追氮肥（硫酸銨15-30公斤/畝），促苗生長。