氟嗎啉對霜霉屬、疫霉素病菌特別有效。對葡萄、馬鈴薯和番茄上的卵菌綱，尤其是霜霉科和疫霉屬菌有殺菌效力，可與觸殺性殺菌劑（二噻農、代森錳鋅或銅化合物）混用。人們一直存在著疑問，那就是氟嗎啉與同類殺菌劑比較效果如何呢？具體情況如下：
嗎啉類殺菌劑發展比較緩慢，除氟嗎啉外目前商品化的品種僅有4個，克啉菌、嗎菌靈、丙菌靈酰嗎啉，除烯酰嗎啉外其它三個殺菌劑主要用作防治白粉病，對卵菌綱真菌無活性。室內及田間試驗結果表明，與烯酰嗎啉比較保護效果二者基本一致，而氟嗎啉活性更高，且持效期較長。目前防治由霜霉屬和疫霉屬真菌引起病害的常規殺菌劑主要以酰胺類為主，如：甲霜靈、苯霜靈、惡霜靈，但這兩類病害已明顯對酰胺類化合物產生抗藥性，因而防治效果很差；另外一類是脂肪族殺菌劑，如：丙酰胺、霜脲氰、杜邦克露（即霜脲氰和代森錳鋅的混劑），這類殺菌劑在我國大部分地區也有不同程度的抗藥性問題發生。除此之外，有機磷類、硫代氨基甲酸鹽類如代森錳鋅、福美雙等對霜霉屬和疫霉屬引起的病害也有一定的預防作用，乙磷鋁由于抗性問題現在防效不太理想，代森錳鋅為保護劑，病害發生后使用無作用。
總之，與目前國內市場上防治同類病害的常規藥劑相比氟嗎啉及氟嗎錳鋅藥效突出、用量低、活性高、施藥間隔期較長，尤其對抗藥性發生較嚴重的地區試驗結果反映的更明顯。