當前，農民種植中藥材日益增多。正確選用農藥防治病蟲害是提高藥材質量的關鍵措施。按國家規定，以下農藥禁止在中藥材上使用：
劇毒農藥通常品種是3911、甲基1605、1059、久效磷、甲胺磷、呋喃丹、氰化鈉、氰化鉀等。它們用于中藥材時，容易被吸收并滲透于根莖、葉片及果皮等植物組織內，即使風吹雨淋也不易散落消失。往往中藥材收獲期臨近，有部分農藥成分還未降解，加工使用后就極易發生急性中毒，再加上施用這類農藥時稍不注意也容易發生人畜中毒事故。因此，禁止在中藥材生產上使用。
高殘留農藥如666、滴滴涕、氯丹等。雖然它們對人畜的急性毒性并不大，但殘留期長，積累性強，在中藥材內更不易分解，進入人體后會長期積蓄造成慢性中毒，因此也禁止施用在中藥材。
有機汞農藥如賽力散、西力生、富民隆等，這類農藥殺菌力強，防治中藥材病害效果很好，但是它會被分解為無機汞，可以殘留很多年而不消失，人體吸收后，對神經系統和心臟的損害非常大，因此，國家早已禁止生產和使用。
殺蟲脒試驗研究證明，極小的殺蟲脒劑量就能誘發小白鼠的多種癌癥。故國家已規定不準在中藥材、果樹及蔬菜、茶葉上使用殺蟲脒。