黃連莖腐病學名Rhizoctonia sp.。病害影響藥材的正常生長，導致產量明顯下降，種植人員及時了解黃連莖腐病的癥狀，控制病害的發生。
黃連莖腐病癥狀：
發病部位為根莖、葉柄及根部。發病初期根莖及葉柄連接處產生深綠色水漬狀斑，后為深褐色腐爛。根發病初期呈黃褐色水漬狀，后變為褐色腐爛。地上葉片形成不規則形褐色斑，常脫落穿孔，植株萎蔫枯死。潮濕時病部可見淡褐色蜘蛛絲狀毛霉和黏附小粒狀菌核。
黃連莖腐病發病環境及條件：
以菌絲體和菌核在土壤中越冬。當地溫15-23℃，濕度適中，土質黏重，植株生長勢弱有利于發病。
黃連莖腐病防治方法：
（1）選用無病苗床育苗，育苗時推廣流體播種或種子吸水丸衣技術。
（2）發病初每畝用70%五氯硝基苯可濕性粉劑或70%敵克松可濕性粉劑，50%拌種雙可濕性粉劑100-150g，摻細土10-15kg，撒地表中耕混土。
（3）發現病株立即拔除，用50%苯來特可濕性粉劑或綠亨1號可濕性粉劑及治枯靈可濕性粉劑800倍液，75%百菌清可濕性粉劑，50%退菌特可濕性粉劑500-600倍液全株噴灑。