微生物農藥，就是直接利用細菌、真菌和病毒等產生的天然活性物質或生物活體本身開發的，對植物病蟲草害進行防治的農藥。這類農藥具有選擇性強，對人、畜、農作物和自然環境，不傷害天敵，不易產生抗性等特點。但在實際操作中還需要注意以下五個方面。
一要避免施用時溫度過低。有些農戶在施用微生物活體農藥時，不注意環境因素，不選擇氣溫較高的天氣條件下施用，甚至在冬天和早春寒冷的天氣條件下施用，故沒有達到預期的防治效果。這是因為，生物農藥施用時都要求較高的溫度。試驗表明，在25-30℃之間，噴施后的微生物活體農藥防治效果要比在10- 15℃之間的高出1-2倍。
二要避免在干燥的天氣下施用。如晴天上午10點鐘到下午4點鐘前等高溫干燥的天氣條件下施用，效果都不佳。這主要是因為環境濕度不夠所致。因此，選擇陰天、雨后或早晨等濕度大時施用。
三要避免強太陽光。沒有避開高溫、強太陽光的中午施用，引起藥效下降。微生物活體農藥，怕強太陽光照射。太陽光中的紫外線對芽孢有著致命的殺傷作用，而且紫外線的輻射對伴孢晶體還能產生變形降效作用，因此要選擇在下午4點鐘以后或者陰天施用，發揮效果更好。
四要避免施用后遭大雨沖刷。芽孢怕大暴雨沖刷，因為暴雨會將噴施的菌液沖刷掉。如果噴施后（5-6小時后）遇到小雨，不但不會降低藥效，反而可提高防效作用，因為小雨對芽孢發芽大為有利，害蟲一旦食后會加速其死亡。所以要根據天氣預報確定施用時間。
五要避免與殺菌劑混用。如塊狀耳霉菌，作為一種真菌殺蟲劑，藥效是通過塊狀耳霉菌的活孢子作用來實現的。施用后活孢子侵染蚜蟲并致死，可持續傳染，引起群體大量死亡。但作為一種活體真菌，如果與殺蟲劑混用，它們被殺菌劑致死，自然失去殺蟲作用。