農藥殘留是指在噴施過農藥后一個時期內沒有被分解而殘留于生物體、收獲物、土壤、水體、大氣中的微量農藥原體、有毒代謝物、降解物和雜質的總稱。
農藥殘留原因
（1）農藥性質與農藥殘留
現已被禁用的有機砷、汞等農藥，由于其代謝產物砷、汞終無法降解而殘存于環境和植物體中。
六六六，滴滴涕等有機氯農藥和它們的代謝產物化學性質穩定，在農作物及環境中消解緩慢，同時容易在人和動物體脂肪中積累。因而雖然有機氯農藥及其代謝物毒性并不高，但它們的殘毒問題仍然存在。
有機磷、氨基甲酸酯類農藥化學性質不穩定，在施用后，容易受外界條件影響而分解。但有機磷和氨基甲酸酯類農藥中存在著部分高毒和劇毒品種，如甲胺磷、對硫磷、涕滅威、克百威、水胺硫磷等，如果被施用于生長期較短、連續采收的蔬菜，則很難避免因殘留量超標而導致人畜中毒。
另外，一部分農藥雖然本身毒性較低，但其生產雜質或代謝物殘毒較高，如二硫代氨基甲酸酯類殺菌劑生產過程中產生的雜質及其代謝物乙撐硫脲屬致癌物，三氯殺螨醇中的雜質滴滴涕，丁硫克百威、丙硫克百威的主要代謝物克百威和3-羥基克百威等。
農藥的內吸性、揮發性、水溶性、吸附性直接影響其在植物、大氣、水、土壤等周圍環境中的殘留。
溫度、光照、降雨量、土壤酸堿度及有機質含量、植被情況、微生物等環境因素也在不同程度上影響著農藥的降解速度，影響農藥殘留。
（2）使用方法與農藥殘留
一般來講，乳油、懸浮劑等用于直接噴灑的劑型對農作物的污染相對要大一些。而粉劑由于其容易飄散而對環境和施藥者的危害更大。
任何一個農藥品種都有其適合的防治對象、防治作物，有其合理的施藥時間、使用次數、施藥量和間隔期（一次施藥距采收的間隔時間）。合理施用農藥能在有效防治病蟲草害的同時，減少不必要的浪費，降低農藥對農副產品和環境的污染，而不加節制地濫用農藥，必然導致對農產品的污染和對環境的破壞。
農藥殘留的危害
（1）農藥殘留對健康的影響
食用含有大量高毒、劇毒農藥殘留引起的食物會導致人、畜急性中毒事故。長期食用農藥殘留超標的農副產品，雖然不會導致急性中毒，但可能引起人和動物的慢性中毒，導致疾病的發生，甚至影響到下一代。
（2）農藥殘留對農業生產的影響
由于不合理使用農藥，特別是除草劑，導致藥害事故頻繁，經常引起大面積減產甚至絕產，嚴重影響了農業生產。土壤中殘留的長殘效除草劑是其中的一個重要原因。
農藥殘留的控制
（1）注意栽培措施
一要選用抗病蟲品種；二要合理輪作，減少土壤病蟲積累；三要培育壯苗，合理密植，清潔田園，合理灌溉施肥；四要采用種子消毒和土壤消毒，殺滅病菌；五要采用燈誘、味誘等物理方法，誘殺害蟲。比如：黃板誘殺蚜蟲、粉虱、斑潛蠅等；燈光誘殺斜紋夜蛾等鱗翅目及金龜子等害蟲；小菜蛾、斜紋夜蛾、甜菜夜蛾等專用性誘劑誘殺。
（2）采取生物防治方法
充分發揮田間天敵控制害蟲進行防治。首先選用適合天敵生存和繁殖的栽培方式，保持天敵生存的環境。比如果園生草栽培法，就可保持一個利于天敵生存的環境，達到保護天敵的目的。其次要注意，農作物一旦發現害蟲為害，應盡量避免使用對天敵殺傷力大的化學農藥，而應優先選用生物農藥。常用生物農藥種類有：BT生物殺蟲劑和類殺蟲殺菌劑，如瀏陽霉素、阿維菌素、甲氧基阿維菌素、農抗120、武夷霉素、井崗霉素、農用鏈霉素等。昆蟲病毒類殺蟲劑，如奧綠1號。保幼激素類殺蟲劑，如滅幼脲（蟲索敵）、抑太保。植物源殺蟲劑，如苦參素、綠浪等。
（3）選用低毒、低殘留的化學農藥
農作物生長后期，在生物農藥難以控制時，可用這類農藥進行防治。適用的農藥主要有多殺菌素（菜喜）、安打、蟲酰肼（美滿、阿賽卡）、蟲螨腈（除盡）、氟蟲腈（銳勁特）、伏蟲隆（農夢特）、菊酯類、農地樂、除蟲凈、辛硫磷、毒死蜱（新農寶、樂斯本）、吡蟲啉（蚜虱凈）、掃螨凈、安克、殺毒礬、霜腺錳鋅（克露、克丹）、霉能靈、腐霉利、敵力脫、撲海因、嘧菌胺（施佳樂）、甲霜靈、可殺得、大生M—45、多菌靈等。嚴禁使用高毒高殘留農藥，如3911、呋喃丹、甲基1605、甲胺磷、氧化樂果等。農藥在使用中要注意，選用對口農藥，適時使用農藥。嚴格控制濃度和使用次數，采用合理的用法。注意不同種類農藥輪換使用，防止病蟲產生抗藥性。嚴格執行農藥使用間隔期。