世間萬物都有其兩面性，有優點的同時也會有缺點，植物源農藥也是如此，既有好處也有壞處。
植物源農藥有如下突出的優點：一、由于它們所含的有效成分為天然物質，而不是人工合成的化學物質，施用后在自然界有其順暢的降解途徑，對環境無污染或污染小；二、由于植物殺蟲劑殺蟲成分較多、作用方式獨特，使害蟲較難產生抗藥性；三、它們一般具有選擇性強，對人、畜及天敵毒性低，開發和使用成本相對較低的特點。
當然，植物源農藥也有一些缺點，如多數天然產物化合物結構復雜，不易合成或合成成本太高；活性成分易分解，制劑成分復雜，不易標準化；大多數植物源農藥發揮藥效慢，導致有些農民朋友認為所使用的農藥沒有效果；噴藥次數多，殘效期短，不易為農民接受；由于植物的分布存在地域性，在加工場地的選擇上受到的限制因素多；植物的采集具有季節性等。