根據棉花的不同時期要進行不同的防治，可以配合使用農藥或者肥料來高效：
1、苗期病害綜合防治
苗床應選擇病土在避風向陽處，可以直接用多菌靈對苗床噴霧殺菌，以利棉苗生長短減輕枯黃萎病的發生以及延緩枯黃萎病的蔓延速度。
棉種帶菌是苗病發生的主要菌源之一，因此，殺滅種子所帶的病菌是防治棉花苗病的一條重要措施。可以播前曬種2-3日，或選用種衣劑包衣的精加工棉種，或用多菌靈拌種，或甲基立枯磷浸種5～6小時。
齊苗后，早發生的是立枯病和炭疽病，結合苗床澆水用多菌靈、或多錳鋅、或甲基立枯磷潑澆。葉部病害選用多菌靈、甲基立枯磷噴蓖。整個苗床期防治2～3次。
2、棉花生育前期病蟲害綜合防治
防、治結合，減輕枯黃萎病發生為害程度。于仍種植感病品種的病田，則要采取綜合防治的措施來減輕其發生為害程度，一是要深挖三溝防漬；二是在無病土育苗的基礎上移栽時施用農藥灌定根水，營養缽移栽后當日或次日用多菌靈加尿素灌根；三是對發病棉株追施碳銨殺菌促發。棉蚜、紅蜘蛛、蝽蟓、紅鈴蟲、棉鈴蟲等蟲害防治藥劑，上面已推薦，這里不重復推薦。
3、花鈴期病蟲害綜合防治
棉花進入八月份以后，自身補償能力明顯減弱，病蟲害的發生種類也與前期有明顯的不同，棉田天敵對害蟲的控制能力減弱。此時棉田發生的主要害蟲，紅鈴蟲和棉鈴蟲直接為害的是棉花的收獲部分，若防治稍有失誤，就可造成棉花嚴重減產。少數入秋后雨水多的年份，盲蝽蟓在田間不施藥的情況下，可造成棉花絕收。因此，這一時期棉花病蟲害的防治必須以藥劑防治為主。應以防治棉鈴蟲、斜紋夜蛾為主，兼治其它害蟲，對于鈴病則以農業防治為主，輔以藥劑防治。紅蜘蛛、斜紋夜蛾、盲蝽蟓等蟲害防治藥劑，上面已推薦，這里不重復推薦。