眾所周知水溶性肥料不但配方多樣而且使用方法十分靈活，一般情況下有以下三種方法：
1、土壤澆灌
通過土壤澆水或者灌溉的時候，先行混合在灌溉水中，這樣可以讓植物根部全面地接觸到肥料，通過根的呼吸作物把化學營養元素運輸到植株的各個組織中。
2、葉面施肥
把水溶性肥料先行稀釋溶解于水中進行葉面噴施，或者與非堿性農藥一起溶于水中進行葉面噴施，通過葉面氣孔進入植株內部。對于一些幼嫩的植物或者根系不太好的作物出現缺素癥狀時是一個糾正缺素癥的選擇，極大地提高了肥料吸收利用效率，節約地植物營養元素在植物內部的運輸過程。
3、滴灌和無土栽培
在一些沙漠地區或者極度缺水的地方，人們往往用滴灌和無土栽培技術來節約灌溉水并提高勞動生產效率。這時植物所需要的營養可以通過水溶性肥料來獲得，即節約了用水，又節省了勞動力。