有的人認為有機農業不宜使用肥料，尤其不能使用化肥，其實這種想法是錯誤的。因為在現在，有機農業目前還沒有公認的、嚴格的定義。但是有機農業也使用肥料，主要使用天然、有機肥料。如歐洲的有機農業規定：允許使用磷礦粉、鉀礦，不允許使用普鈣、重鈣。
我國綠色食品ＡＡ級標準規定只允許使用天然、生物肥料，Ａ級標準規定可有限度地使用化學肥料。實際上有機農業在肥料使用的規定上也令人費解，如歐洲制定有機農業標準的機構認為天然礦物肥料更純凈、對環境，我國ＡＡ級綠色食品只允許使用天然肥料（如磷礦石、草木灰）。實際上，天然礦物經過化學加工，其中的重金屬等雜質大部分已隨廢渣排出，有害物質含量大大降低。化學肥料比天然礦物要純凈得多，對環境的危害更小。有機農業和綠色食品生產不應該隨意控制某種肥料的使用，而應該看這種肥料對農產品品質及環境的影響。