牡丹在生長過程中是不可離開肥料的，尤其是氮磷鉀等要素較全的肥料，如雞、鴿、兔、蚯蚓、豬、狗、牛、羊糞等有機肥。但必須經過漚制腐熟才能施用。未經腐熟的肥料，發酵分解一種有機酸，會使根腐爛。城市里可用淡水魚雜、雞雜、碎骨頭等加水漚制腐熟后施用。漚制時冬曬三個月，夏曬一個月以上，制成漿糊狀。需加水稀釋后在生長期和花后施用，盛夏炎熱時不施肥。
盆栽牡丹可以施基肥，但也必須經過充分腐熟后施用。施用時在盆底施上一寸厚的糞肥，然后覆一寸厚的土，切忌根部直接與肥接觸。
為保險起見，盆栽牡丹不施基肥。盆栽牡丹生長期，在不接觸根系的情況下，在植株周圍的盆土表層，開溝埋一圈腐熟的畜禽糞，使肥料慢慢滲到盆土中，供牡丹生長用。
為防肥害，盆栽牡丹使用配制好的培養土，以30％畜禽糞，30％的河沙，40％的山坡土或沙質土壤，經過一伏天、一冬天的漚制腐熟，制成肥沃的盆土，再栽植牡丹。