農家肥料含有大量的有機質，其養分完全，可改良土壤，減少或消出土壤中有毒物質對作物的毒害，并提供給植物營養，改善農產品質量等作用。
根據農家肥料的類別，氮、磷、鉀養分的含量及性質，農家肥料的施用方法為：
一、糞尿肥
1.人糞尿
經腐熟后，可作底肥、追肥施用。這種肥料用作改良土壤，還應與廄肥、堆肥等混合施用。該肥因含少量氯化物，不宜用于煙草等作物。
2.豬糞尿
豬糞尿因分解緩慢，性柔和勁大而長，屬暖性肥料。腐熟后，可作種肥，保墑，利于幼苗生長。該肥可用來改良土壤。
3.牛糞尿
牛糞尿因糞質細，且含水量較多，其通氣性差，分解緩慢，發酵溫度低，屬冷性肥料。牛糞尿腐熟后，施入冷浸田，肥效差，可用于旱地或用作水稻基肥，也可拌油菜籽播種作種肥，其肥效較好。
4.馬糞尿
馬糞尿疏松多孔透氣，含水量少，分解時發熱量大，屬熱性肥料，易分解，肥效快，后勁短。用作苗床地，肥效，作堆肥材料可加速堆肥腐爛，也可用于對黏土的改良。
5.羊糞尿
羊糞尿易于分解發酵，屬熱性肥，其養分濃厚。圈內積存，不露曬，隨出隨施隨蓋。可與豬牛肥混合堆漚，肥效。
6.雞、鴨、鵝、蠶糞
雞、鴨、鵝、蠶糞屬遲效肥料，腐熟后可作底肥、種肥、追肥施用。存放時應注意干燥積存，否則易發生高溫，氮素損失嚴重。
二、廄肥
豬、牛、羊、馬廄肥，有機質含量高，遲效，后勁長。腐熟后多用于作基肥。對砂土、粘土的改良效果顯著。
三、雜肥
1.堆肥和漚肥
常用的雜肥有堆肥和漚肥兩種，它們以秸桿、青草、樹葉等為主要原料，加入人畜糞尿等肥料進行堆腐而成的有機肥料，或摻入河泥、人畜糞尿等在嫌氣條件下進行低溫發酵腐熟而成的有機肥料。堆肥和漚肥有機質含量較高肥效好田頭漚肥的多少用于水田，堆肥多用于旱地，作底肥、種肥或追肥。
2.沼氣池肥
沼氣池肥屬發酵肥料，有機質含量高，沼氣殘渣用作基肥，渣液用作追肥，渣液混合可用作基肥和追肥。
四、灰肥
有草木灰、草灰、木灰等肥料，主要成分是鉀，并含有鈣、磷、硼等元素，肥料，不宜與人糞尿共存，適于酸性土、粘土，宜與豬糞尿、、牛糞尿、馬糞尿、羊糞尿等農家肥混合作蓋種肥及保溫肥，適于喜鉀忌氯作物，如甘薯、煙草等。
五、餅肥
餅肥有菜籽餅、豆餅、紅花籽餅等，其含有機質多，并含有油脂，分解緩慢，肥效穩而。餅肥作基肥，應把它先搗碎，再施用。作追肥時，必須先發酵腐熟后，才能作追肥。