淺水蓮藕缺素會導致一系列病害，同時還會導致嚴重減產，因此需要及時防治，防治方法主要是增施有機肥、微肥。
淺水藕缺素誘發的生理病害，一般始發于5月上中旬，7-8月份高溫季節達到高峰。發病輕的田塊可減收20%-30%，嚴重的減收60%-80%。初發病時，新生葉片剛出水面就呈輕微萎蔫狀，葉脈漸失綠變淡，在葉片邊緣生褐色斑點并逐漸擴大，直至整個葉片枯死，但地下莖無病癥。
發病的淺水藕一般連茬5年左右。由于土壤長期淹水，透氣條件較差，土壤中銅、鋅、鐵等微量營養元素難以滿足淺水藕的生長需要。同時，施用有機肥偏少，追施氮肥偏多，也易誘發生理病害。
防治淺水連茬蓮藕缺素癥的方法主要有：勤換茬。一般每3-4年換茬一次，這是控制生理病害的根本途徑；增施有機肥，控制氮肥用量；增施微肥。在4月底藕田只有薄水時，畝用硫酸銅1.0-1.5千克、硫酸亞鐵2.0-2.5千克、鈣鎂磷肥25-30千克拌干細土撒施。在淺水藕生長前中期，每畝可用惠滿豐營養液肥150-200毫升兌水30千克葉面噴施1-2次，以防其他病害發生。