大豆施肥分為種肥、基肥、及追肥。大豆種肥的施用需少加氮肥，基肥多以有機肥為主，而追肥則需要根據大豆的生長時期來定。
基肥：增施農家肥料作為大豆的基肥，是大豆高產、穩產的重要條件。農家肥屬完全肥料，礦物質養分含量高，還含有較多的有機質，性質緩和，肥效長，對培養地力非常有益。有機肥腐熟后產生有機酸，能把土壤中各種不可給態養分溶解為可給態，及時供給大豆吸收利用。同時，有機肥還能改善土壤的理化性質，增加疏松程度，使土壤蓄水、蓄肥并增強保溫能力，形成大豆生長的良好環境。
大豆種肥的施用：大多數情況下，過磷酸鈣作大豆種肥可以獲得明顯增產效果。每畝用量10-15kg。薄地施種肥常需加少量氮肥，每畝施尿素10kg或硝酸銨10-15kg混合施用時，氮、磷配合比例以1：3或1：2為好。施種肥時，要特別注意肥、種隔離，避免種肥接觸，以免燒種燒苗。種肥深施有明顯增產效果。
大豆追肥：各地增產試驗表明，在大豆分枝期到開花初期進行一次追肥，有良好增產效果。土壤肥力低或大豆幼苗生長瘦弱，封壟較為困難的地塊應適當追肥。在土壤比較肥沃，基肥和種肥充足，大 豆生長健壯，植株繁茂時，不必追肥，以免造成徒長倒伏。大豆追肥時要考慮氮、磷適應配合。追肥的數量，尿素10kg、碳酸氫銨20-30kg，硝酸銨每畝10-15kg，過磷酸鈣15-20kg。試驗表明，在大豆種 子形成期間，噴灑與大豆種所含N、P、K、S比例大體相同的液體肥料，增產達50％以上。次噴肥在頂莢可以摸出豆粒時進行，每隔10-14天噴一次，每畝用液量2.3L。