大棚茄子后期管理時要注意補充充足的水分和肥料，要有針對性的補充氮、磷、鉀肥。氮肥以碳酸氫氨為主，磷肥可以選擇磷酸一氨，鉀肥一般用硫酸鉀或者葉面噴灑磷酸二氫鉀；老、病葉要及時摘除；多余的枝條也應該剪除，保留三到四個枝頭就可以了。
留枝栽培到六月盛果期結束后，隨著夏季高溫多雨的到來、以及植株的老化，茄子結果減少，品質下降。在大棚茄子六月后期管理時，要進行次整枝修剪。方法是選留一到二個靠近根部的、生長旺盛、無病蟲害影響的枝條作為新的主蔓，在新主蔓上方5-10厘米處將側枝全部剪掉，剪口距地面約30-35厘米。剪后用農用鏈霉素1克加75%百菌清可濕性粉劑30克，加水25-30毫升調成糊狀，涂于剪口，以防感染。
剪枝后，應該進行一次挖溝。將廂溝挖深，挖起的土都堆到茄子根部。之后要結合培土，對大棚茄子每畝施腐熟農家肥200公斤或腐熟油枯80公斤，然后澆水。過15天左右開始現花蕾，當有50%的植株坐果后，要肥水齊攻，次追肥可施碳酸氫氨50公斤/畝，以后每剪一臺茄子施肥一次，保持廂溝內略有積水。