目前，小麥秸稈含有木質素、粗蛋白、纖維等有機物，小麥秸稈可作為肥料施用于作物中，促進作物的生長。
小麥秸稈綜合利用，秸稈還田。農作物秸稈還田是補充和平衡土壤養分，改良土壤的有效方法，是高產田建設的基本措施之一，秸稈還田后，平均每畝增產幅度在10%以上。小麥秸稈綜合利用，利用現代化的機械進行秸稈覆蓋或粉碎直接還田；小麥秸稈綜合利用高溫發酵原理進行秸稈堆漚還田；小麥秸稈綜合利用，秸稈養畜，過腹還田；小麥秸稈綜合利用催腐劑快速腐熟秸稈還田，在秸稈中添加一定量的生物菌劑及適量的氮肥和水，再經高溫堆漚，可使秸稈腐熟時間提早15-20天。
小麥秸稈綜合利用，秸稈富含纖維素、木質素、半纖維素等非淀粉類大分子物質。作為粗飼料營養價值低，必須對其進行加工處理。處理方法有物理法、化學法和微生物發酵法。通過微生物代謝產生的特殊酶的降解作用，將其纖維素、木質素、半纖維素等大分子物質分解為低分子的單糖或低聚糖，能提高營養價值，提高利用率、采食率、采食速度，增強口感性，增加采食量。另外如生物有機肥，秸稈可以作為培養土使用，同一些飼料細菌培養后，作為花草、蔬菜的肥料。
其中，小麥秸稈綜合利用，秸稈可用作食用菌的基料，利用秸稈作物生產基質，可增加食用菌的原料來源，可有效的降低小麥的生產成本，還可提高作物的生長。