現(xiàn)在越來越多的人開始使用生物菌肥，它除了比較經(jīng)濟外，還有很多優(yōu)點如下：
1.改良土壤。(1)通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優(yōu)勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動。(2)快速分解土壤有機物質，促進土壤團粒的形成，且通過有益菌的活動能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調節(jié)。(3)分解土壤中的農藥殘留，避免殘留農藥對下季作物產(chǎn)生藥害。還對植物生長過程通過根系排放的有害物質進行分解。
2.固氮、解磷、解鉀功能。能夠部分利用空氣中的氮，通過有益菌生長代謝產(chǎn)生相應的酶和酸，可對土壤中難溶性的磷、鉀肥(土壤中難溶性磷肥占95%，難溶性鉀占98%)進行分解，從而成為植物所能吸收的磷鉀肥。因此能夠大大提高作物對肥料的利用率，從而減少肥料的施用。＇
3.提高作物品質。解磷、解鉀的同時，能夠促使土壤中微量元素的釋放，被作物所利用，同時有益菌代謝產(chǎn)生多種植物所需的物質，如小分子氨基酸、生長刺激物質、維生素等。
4.達到生物防治病害的效果，灌根可抑制土壤中的病菌，噴到葉面，可防止病害的入侵。
5.促進作物早熟和延長采收期。由于土壤理化性質得到改善，土壤養(yǎng)分豐富且平衡，土壤中肥料能夠更好的被作物很好的吸收，因此能夠促進作物早熟和延長采收期。
6.和有機肥配合使用，能夠持續(xù)不斷的改良土壤，2-3年就可使土壤完全達到生產(chǎn)有機作物的標準，且因為有益菌能夠快速分解有機物質為作物吸收，所以克服了有機肥料肥效慢的特點，單施有機肥產(chǎn)量低的特點。
7.生物菌肥不像化肥那樣，一次性將過量的可溶性營養(yǎng)元素帶入土壤，生物菌肥可避免環(huán)境污染，且有益菌不斷的在植物根系周圍不斷的繁殖代謝，持續(xù)地、非過量的向作物提供營養(yǎng)。
8.生物菌肥料使用量少，節(jié)省了搬運力。