給蔬菜田地經常施用化肥有許多害處，不僅會對蔬菜品質造成影響，并且還會對土壤帶來損害。所以，應該盡量減少使用化肥量，做到和有機肥料配合施用。
長時期施用化肥的蔬菜田地，尤其是過量使用氮肥而產生的“氮肥蔬菜”，它的莖葉等能夠食用的部分，都被硝酸鹽嚴重污染，將會使蔬菜中的硝酸鹽含量大幅度提高，硝酸鹽在人體中極易被還原稱為亞硝酸鹽，亞硝酸鹽是一種含有毒性非常高的物質，它能夠造成人體細胞缺氧。長時期食用此種蔬菜，會導致兒童智力降低，并且能夠誘發癌癥，危害非常大。所以，許多國家目前已經明文規定，嚴禁氮肥蔬菜上市，以消費者的利益。
土壤長時期施用硫酸銨、硫酸鉀及含有氮素的化肥，將會對土壤結構造成破壞，致使土壤出現板結，喪失柔性以及彈性，致使通水透氣性能降低。長時期應用化肥，土壤膠體上的鈣離子將會不斷被交換出來，在降雨以及灌溉水的淋洗下，硫酸銨、氯化鈣將會被淋洗到土壤下層，導致耕作層缺鈣，破壞土壤結構，致使土壤變得板結，肥力效果降低，蔬菜生長勢頭比較低，產量下降。由于較為良好的土壤結構，除了包含有大量有機質之前，通常都豐富含有鈣元素，缺乏鈣素的土壤結構再好，也是不固定的，容易遭到破壞。
導致土壤的酸化危害。硫酸銨、氯化鉀以及過磷酸鈣等酸性化肥在長年大量施用蔬菜田地之后，將會致使土壤中殘留大量的酸類物質，致使中性土壤酸化，酸性土壤更加酸化，不但破壞了土壤微生物區系，并且也對大多數蔬菜的正常生長非常不利。長時期應用化肥，特別是長年多次應用硫酸銨、硫酸鉀、氯化鉀等，只可以提高土壤中的硫酸根離子以及氯離子的含量，而此兩種離子對于土壤而言都是有害的離子，不僅會影響到蔬菜正常生長，還將會使土壤產生次生鹽漬化，土壤的結構遭到破壞，抑制蔬菜對其他營養成分的吸收。
所以，蔬菜田地應該限度地應用有機肥或是其他非化學氮肥，替代化學氮肥，在不對蔬菜正常生長發育造成影響的前提下，盡可能的以圈肥及雞糞等有機肥與各種餅肥，例如棉籽餅、菜籽餅、豆餅以及生物菌肥等非化學類肥料，代替化學氮肥，以避免造成蔬菜污染，降低化學肥料的殘留以及對土壤造成的污染及破壞作用。