農業生產中經常使用的固體微肥主要有硫酸銅、硫酸亞鐵、硫酸錳、硫酸型以及硼砂等。通常在給土壤施用固體微肥會發生如下三個問題：
一、有效性下降。
因為受到土壤條件，尤其是酸堿性的影響，通常會使微肥的有效性下降，從而對其肥效造成影響。比如在pH值高、含有碳酸鈣的土壤中，因為碳酸鈣對鋅元素的吸附，將會顯著的對所施鋅肥的有效性造成影響。
二、施用不均勻。
由于微肥使用量比較少，不容易施用均勻，致使局部的土壤微肥濃度太高而引起毒害。由于很多微量元素從缺少到過量之間的濃度范圍非常窄，農作物的忍受高濃度的能力比較差，及其容易由于局部土壤微肥濃度過高而致使農作物中毒。
三、極易污染環境。
由于很多微量元素不僅是營養元素，又是重金屬，如鋅、銅、錳等，一旦過量施肥，很可能對環境造成污染或是進入食物鏈，對人畜健康造成威脅。
相對來說，葉面噴施液體微肥利益多。只有在土壤嚴重缺乏微量元素的時候，才可以采用施基肥的措施，所施用肥料大部分是為工業上含微量元素的廢棄物，例如礦渣、含礎污泥等，土壤施用的固體微肥有比較長的后效，通常可以3到4年施用1次。