在生產黑木耳的過程中經常會發生雜菌及病蟲害，它們將會嚴重影響黑木耳質量，尤其是在高溫以及適宜氣溫的季節。
一、常見雜菌以及防治措施：
1、木霉：
木霉污染，污染初期菌絲表現為白色，之后慢慢產生綠色的孢子而轉變成淺綠色，進而為深綠色。木霉主要產生在菌種瓶還沒有萌發的料內以及沒有的耳基上，若是處理不及時，擴大蔓延就非常快，病區的木耳菌絲不可以生長或是生長不良。
防治措施：培養基應該，在菌袋出耳期產生木霉，可以首先把菌袋放置在陽光下晾曬1到2天，再使用零點二或零點一的高錳酸鉀或是零點二多菌靈溶液噴灑消毒處理。
2、毛霉生根霉：起初是為淺白色在25攝氏度到35攝氏度的條件下，它的菌絲以及假根長入培養基之后向上伸出非常長的孢子柄，在頂端是為黑色的孢子襄。它的危害是隔絕氧氣，爭奪營養成分以及水，分泌毒素，對黑木耳菌絲的生長發育影響非常大。
防治措施：可以參照木霉防治技巧。培養基必要要，在菌袋出耳期間產生木霉，可以首先把菌袋放置在陽光下晾曬1到2天，再使用零點二或是零點一的高錳酸鉀或是零點二的多菌靈溶液噴灑消毒。
二、常見蟲害及防治措施：
1、線蟲：線蟲是一種沒有顏色的小蠕蟲，體形非常小，只有1毫米左右，需要在顯微鏡下觀察。線蟲對木耳菌絲造成危害，致使培養料產生一種暗色潮濕沒有木耳菌絲的病區，經常會產生刺激性的味道。
我們可以使用甲基臭熏蒸能夠殺死線蟲，濃度是為每小時600毫克/升。
2、跳蟲：跳蟲是彈尾目的昆蟲，看起來相似與煙灰，我們又稱它為煙灰蟲。對食用菌造成危害的主要是紫跳蟲，跳蟲體長大約在2毫米-3毫米，全身呈現紫黑色。
在栽培養室出現跳蟲，可以噴施零點一的魚藤精或是除蟲菊脂。