在給土壤施入氮、磷、鉀化肥之后，一般情況下將會有3個去向：一被農作物直接吸收；二施入的養分損失；三出現土壤殘留，其中也包括生物固定以及土壤固定。提升肥料利用率的關鍵是降低營養成分的損失，與科學用肥的關系非常密切。
一、氮肥：
造成氮肥損失的主要途徑有硝酸鹽的淋失、氨的揮發損失以及反硝化作用造成的脫氮損失。這些都是導致氮肥利用率不高的原因，通常只有三十左右。所以在農業生產上利用銨態氮肥深施覆土，硝態氮不作為基肥施用，以及銨態氮肥一定要施到水田的還原層等，都是降低氮素損失，提生氮肥利用率的有效方法。
二、磷肥：
和氮肥不一樣，磷肥的肥效不高的主要因素是土壤的化學固定，通常磷肥的當季利用率僅僅有十到二十五。被土壤已固定了的磷酸鹽在不相同的條件下能夠逐漸的釋放出來，供應農作物吸收利用，因此磷肥的后期效果很長。磷肥在土壤中移動性非常小，所以應作為基肥來施用。在生產上經常采取集中施用，分層施用，配合有機肥料施用等技巧，都是為了減少土壤的化學固定，提升磷肥在當季利用率的為有效的措施。
三、鉀肥：
在給土壤施入鉀肥之后一部分會被農作物吸收，剩余下的鉀離子將會很快被土壤膠粒所吸附，暫時貯藏起來。土壤中的鉀元素通常不會損失，因此當季利用率比較高，可達到四十到五十。在生產上為了避免土壤干濕交替提高土壤對鉀的固定，經常把鉀肥作為基肥并施入到根系密集的濕潤土層中，以降低對鉀的固定；對固鉀能力比較強的土壤，鉀肥不能太早的施入，通常都是在播種之前施入到播種溝中，以提高其利用效率。