做到食用菌產量高，提高食用菌品質，在培育過程中，我們需要防治好三種病害。
一、斑點病
從幼菇開始，再菌蓋上就出現黃色或是黃褐色形狀不一致的病斑，這些病斑的邊緣大部分較為整齊，但也存在不規則形狀的病斑出現，這些斑點將會隨著著菇體的成長而不斷的長大；在斑點的著生處，菌肉組織稍微呈現僵化的狀態，嚴重的影響其的口感以及品質。
這些病斑是細菌性侵染性病害，產生的因素大多是由于噴水不合理，使菌蓋上粘附有水滴，在大棚氣溫低、通風條件差、水分蒸發量太小，水滴很長時間鋪蓋的情況下，使得細菌有利的侵染菌體，造成該表層組織失去色，變成斑點或是斑塊。也有真菌性侵染病害，這種病害剛發病的病癥表現是產生黃褐色斑點，可是，這些斑點會慢慢的向下凹陷或是干裂，菌蓋組織出現僵化的表現，只需要3天左右，子實體將會停止生長，或是出現脫水干枯現象，或是萎縮腐爛，由于病原的不一樣而呈現出不同的結果。
二、死菇病
在幼菇剛完成分化就開始出現黃化、變軟，從而造成死亡，發病嚴重的在菌蓋分化之前的菇蕾階段就已經出現變色、甚至死亡，到菌蓋直徑在3厘米的時候依然存在死亡現象，這種病癥可從多種病原菌的侵染，或是幾種不一樣的病原菌都能夠造成發生該種病癥；在侵染樹枝狀葡枝霉之后，通常會在平菇菌的柄基部沉聲白色的菌絲，這些菌絲的成長傳播的速度比較快，適宜氣溫情況下，3天道5天就可完成對料面的包圍或是覆蓋，從而包圍子實體的基部，并且朝著菌柄方向出現延伸，染病子實體不呈現畸形，也不會變病斑，在病原菌的菌絲的進一步變大，菌絲傳播道菌蓋，造成整株子實體喪失活力，菇體黃化、變軟、變為褐，之后出現腐爛現象。
三、黃菇病
自菇蕾開始，到幼菇、到成菇都會出現死亡現象，它的表現順序通常是菇體變軟、出現黃化、死亡、變為褐色，直到出現腐爛并產生惡臭的味道，發病嚴重時菇棚里面及其的臭。這種病癥主要由細菌性侵染所引起，一般病原菌是假單孢桿菌、傘菌假單孢桿菌以及托蘭斯假單孢桿菌等，產生的主要原因氣溫適宜并且穩定，濕度比較高、通氣性能較差。