耕作層挖取太深是不利于吸收肥料的營養的，大家都知道貧瘠的土壤不利于蔬菜的正常生長，因為生土中缺乏中微量元素及有益菌等，不利于蔬菜根系的生長。而土壤耕作層中含有大量有益菌和多種生物酶，能將土壤中的有機物質腐爛分解，轉化為能溶于水、能被植物吸收的肥料，能將遲效養分轉化為養分，而且耕作層土壤還具團粒結構，形成的毛細管能提取毛管水，能持肥、持水、通氣、保溫，這些都是生土所不具備的。
如果下挖過深，原先土壤的耕作層大部分用作了后墻體的建設，留下的生土不適合蔬菜生長，第五代大棚內立柱選用5.8米(下埋60厘米左右)，后墻高度4.5米左右，棚內下挖0.5-0.6米為恰當。建棚時應先將棚內耕作層土壤取出暫存放，而挖取耕作層以下的生土建墻體，當然建棚土依舊不夠用，可再從棚前空地下挖取土，下挖深度視情況而定，一般要在0.5-0.6米左右，或者從后墻取土補充。建好墻體后，再將暫存耕作層土壤還原處。這樣合適的高度就不會挖取過多的土層，而耕作層也不會損失太多，更加有利于作物的營養吸收。