施加菌肥后一般都是效果很好的，但是劉師傅種植的茄子生長勢衰弱，果實發育緩慢，有的植株甚至出現歇秧、坐果難的現象，這是什么原因導致的呢？
劉師傅說：“我底肥施得非常足，二畝地的大棚用了二十多袋菌肥，還有大量雞糞，怎么還是出現生長不良的現象呢？”在施底肥時他聽農資商說，菌肥能促進蔬菜生長，提高產量，但他用了這么多菌肥后還是結不出好茄子，是不是買到假肥料了呢？在聽劉師傅講述他用的菌肥種類后，記者知道這種菌肥菜農反映效果不錯，但為什么劉師傅用了效果不佳呢？進一步交流后記者得知，劉師傅的棚是今年剛建的，土壤比較瘠薄，因此營養供應不足是導致茄子生長不良的主要原因。
目前很多菌肥有解磷解鉀的功能，能促進蔬菜對磷鉀的吸收，如含硅酸鹽細菌、無機磷細菌等菌肥，能促進土壤中難溶性磷、鉀等元素有效化，提高根系對土壤中多種元素的利用率，從這個角度來說，菌肥能為蔬菜提供營養，但本報特聘專家殷鏡堂認為，在一些使用時間很長的大棚，由于常年施用化肥，土壤鹽漬化嚴重，各種營養已不缺乏，再大量使用礦質元素肥料增產的效能已經不大，這時為促進根系吸收率，注重使用菌肥，能起到很好的增產效果，但在一些新棚，土壤比較貧瘠，有機、無機營養缺乏，單純補充菌肥，不能滿足蔬菜生長對營養的需求，反而會消耗土壤中的有機質造成蔬菜長勢下降。
近年來生物菌肥越來越受到菜農的青睞，由于其功能的多樣性，可給蔬菜創造出良好的生長環境，如一些放線菌能分泌農用，起到殺滅病菌的作用；固氮菌可與豆科植物結合固定大量氮素，明顯提高作物產量；解磷解鉀菌可提高肥料利用率等，所以菜農越來越重視生物菌肥在蔬菜生產中的作用，那該如何正確認識和使用菌肥成為當務之急