因為有機肥料含有大量的有機大分子物資，合成速度慢，要想進步有機肥料的肥效，可從以下幾方面著手：
1、個別運用作底肥，在作物收獲前施入土壤中 。有機肥是長效肥的一種，在充足的水分及溫度的作用之下才能充分發揮肥效。所以，施肥時應該提前進行。有些優質有機肥在施加7天左右、春季施肥8-12天、冬春季施肥15-20天后，就開端開釋營養。根據這些長年來的經驗，作物在種植物時要考慮到肥料的施加時間，讓肥效化。
2、集中施肥 。有機肥料當作追肥時可可進行穴施或者條施，這樣會讓肥料和土壤攪拌均勻，讓肥效更明顯。
3、施加有機肥料時一定要選用充分腐熟的有機肥料。畜禽糞雖然是非常優質的有機肥，可是其中含有大量的尿酸，對作物容易燒根、燒苗、熏葉等不良的效果，并且糞肥中含有很多線蟲卵、霉菌等，如果糞肥沒有經過腐熟就施加，會非常輕易對植株造成危害，因而需根絕運用生糞。