任何生物肥料想要出好的效果，施用的方法是非常重要的，當我們掌握了正確的方法，在施加生物肥料時才會給我們一個好的交待。
1. 想讓生物肥料的效果提高，一定要注意下面6方面：一是要了解生物肥料的出廠日期、用量及使用法等信息，必須要在有效期內施加。在保存時需要避光、通風與干燥的環境。二是要知道微生物肥的作用，適合哪些作物使用及正確施加方法。三是提倡“早、近、勻”的施加方法與相關技術，就是在施用時，要掌握時間需“早”，正常情況下可以作為基肥、種肥與苗肥共同施用；而施入部位要離作物根系“近”有利于吸收養分；而種子與苗肥混合時一定要拌“勻”。四是建議與有機肥混施，這樣才能讓施用效果更好。五是避免陽光長期照耀，施加生物肥料后要及時覆土。六是生物肥料不適合與化肥、殺菌劑等農藥混合使用，這會影響肥效的。
2、施加硅酸鹽細菌、磷細菌、根際固氮菌、根瘤菌等各種不同的生物肥時，如果施加的方法不正確，效果會非常差。