菌肥是經科學配方、組合加工研制而成的一種無公害新型復合生物肥。施用菌肥應注意以下幾個方面。
1、因地制宜對含硫高的土壤，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果更明顯。
2、因溫制宜施用菌肥的合適溫度是25℃～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。同時還應掌握固氮菌適宜土壤的含水量是60％～70％。
3、因混制宜不應將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。或者先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。還應防止與未腐熟的農家肥混肥。
4、因量制宜對于多年來施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應，因此，其取代量應做到頭年、第二、第三年分別取代30％、40％和60％。
5、因時制宜生物菌肥不是肥，在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7～10天施用，效果更佳。
這些就是科學施用菌肥的方法。更多作物種植栽培管理技術和肥料小知識小技巧請關注火爆農化招商網的百科新聞。