目前菌肥沒有被大面積推廣施用，根本原因在于普遍農戶思維陳舊對菌肥認知度明顯不足，再有就是菌肥市場不夠規范！對于菌種真假難辨！如對菌肥之功效、養分含量、施肥方法的掌握較生疏，就很難達到理想的效果。下面咱們就談談菌肥的正確施用和相關問題。
因地制宜
對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果更明顯。
因溫制宜
施用菌肥的-佳溫度是25℃-37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。同時還應掌握固氮菌較適宜土壤的含水量是60%-70%.
因混制宜
應注意，不應將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。或者先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。還應防止與未腐熟的農家肥混肥。
因量制宜
對于多年來施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應，因此，其取代量應做到第 一、第二、第三年分別取代30%、40%和60%，磷、鉀肥只能補足，不能減少。
因時制宜
生物菌肥不是肥，在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7-10天施用，效果較佳。