優質的有機肥是蔬菜優質高產的基礎，而現在菜農施用的有機肥，大都是買來的商品有機肥，質量普遍較差，有些甚至摻雜了城市污泥、生活垃圾等，根本就達不到有機質含量的標準。即使是一些買來的雞糞，也有不少摻雜泥土，或被一些不法商販摻入火堿（用于增加體積），這些劣質有機肥施入土壤后，效果可想而知。因此，生產中一定要選用優質的有機肥，選用商品有機肥時好選用正規大廠生產的。
1.嚴格控制施肥量
一般情況下，每畝菜地以施入純雞糞15-20立方米、稻殼糞35-40立方米為宜。茄果類蔬菜需肥量較大，可取其上限；葉菜類需肥量稍小一些，可取其下限。
2.配合生物肥施用效果好
有機肥無論基施和沖施，好配合生物肥施用。因為有機肥在與生物肥配合施用后，生物肥中的生物菌能加速有機肥中有機質的分解，使其更有利于作物吸收，同時能將有機肥中的一些有害物質分解轉化，避免其對蔬菜造成傷害。
農業生產中，農民普遍將有機肥與化肥搭配施用。然而，土肥專家指出，有機肥可與氮肥配施，但不宜和磷肥配施。農民要走出有機肥與磷肥配施的誤區。
施有機肥后再施氮肥，作物可大幅增產；若施有機肥后再施磷肥，增產效果則大幅下降，而且有機肥用量愈高，降幅愈大。以上情況不但在試驗中得到證明，在多次生產實踐中也得到證實。因此，有機肥和氮肥可以配施，但要和磷肥分開施。