蘑菇生長需要較多的養分，如果營養一時供應不上，子實體就生長不良，特別是在后期，還會出現早衰現象。特別是在培養料質量差、糞少草多、料層又薄的情況下，將會明顯影響產量和質量。因此，在蘑菇生長后期，適時適量進行追肥，是有利于提高產量和質量的。
但蘑菇追肥只能起一種輔助作用，必須注意效果，防止因追肥不當引起雜菌滋生。另外，還需掌握追肥的濃度和用量，濃度過大或用量過多對蘑菇生長都不利。追肥一般多在第三批菇采收以后進行，直至下一批菇的子實體長到黃豆大小時為止。此后，到采收前一般少追肥或不追肥。蘑菇追肥時，注意以下五個方面：
一、用量合理。
掌握“少吃多餐”的原則，否則，妨礙菌絲體的正常生長。
二、時間適當。
追肥的目的，是為菌絲體的繁育和子實體的成熟提供養分。因此時間上可在采2-3批菇后進行。
三、選擇肥質。
好選用多種肥料輪流追施，特別對某些養分較單一的無機肥料進行輪流追肥，尤為必要。
四、杜絕病源。
液肥中不得含有蟲卵和病菌。所用的廄肥或糞尿，要經過發酵或腐熟、燒煮消毒，避免雜菌滋生，招致病蟲害。
五、肥管配合。
追肥需其他栽培措施相配合，尤其不可忽視提高培養料的質量。蘑菇只有在配制良好的培養料的基礎上適當追肥，才能獲得更好的收成。