施用含鋅肥料應因地而異，因作物而異。缺鋅的地塊和對鋅較為敏感的作物施用含鋅肥料效果較好。一般來說，當土壤有效鋅含量低于0.5毫克/公斤時，施用含鋅肥料增產效果顯著；當土壤有效鋅含量高于1.0毫克/公斤時一般不需要再施用含鋅肥料。對鋅敏感的作物有玉米、高粱、大豆、棉花、番茄、馬鈴薯、圓蔥等。
含鋅肥料是微肥，作物對它的需要量較少。施用含鋅肥料量過大會對作物產生毒害作用或影響人畜健康。含鋅肥料作基肥時，根據土壤缺鋅程度不同，一般每畝施硫酸鋅0.5-2公斤。作追肥時每畝用硫酸鋅0.75-1公斤，摻適量細土撒施。根外噴施，每畝用硫酸鋅90-180克，兌水60公斤，于晴天噴施。
不要與磷肥同時施用。因鋅與磷肥混合施用易形成磷酸鋅沉淀物，不僅降低鋅的有效性，而且也降低磷肥的有效性。
不要與堿性肥料、堿性農藥混用。含鋅肥料與石灰、草木灰、氨水等堿性肥料混合會發生化學反應而降低肥效。同樣，含鋅肥料與波爾多液、石硫合劑、松脂合劑等堿性農藥混合，鋅和農藥的有效性均隨之下降。