由于早、中稻秧齡期短，要求秧苗生長快而壯，但育秧季節又正值氣溫低，土壤中養分釋放和肥料分解慢，所以應重施優質而的肥料，如人糞尿、草木灰和易于分解的幼嫩綠肥等有機肥作為秧田基肥。
水稻秧田階段需要的養分以氮為多，其次為磷、鉀等養分。因此，單純靠有機肥料不能在數量和時間上及時滿足秧苗生長的要求，必須適時、適量地施用氮、磷、鉀化肥。
氮肥以往一般只作追肥施用，但近年來的研究和實踐證明，在有機肥數量不足情況下，施用一定量的氮肥作基肥效果很好，可以達到以肥肥土，以土肥苗的作用，使供肥均衡，秧苗生長健壯且整齊。早、中稻秧田根據秧苗長相進行追肥，也是非常重要的。首次追施為斷奶肥宜在插種后15天左右，即秧苗兩、三葉一心期時，畝施尿素2.5kg或硫銨5kg左右；第二次為起身肥（即送嫁肥），早稻在移栽前2-3天，每畝施碳銨17.5kg左右為宜。
在秧田期，磷的吸收總量雖然較少，但磷對于細胞的增殖和新根的發育均有重要的作用，特別是在早、中稻育秧季節，由于秧田淹水期短，氣溫低，土壤磷量少，增施磷肥，對培育壯秧是非常重要的。一般每畝施用過磷酸鈣25-50kg，以作基肥為好。
鉀是秧苗階段需要較多的養分之一。在秧田施鉀不僅能促進根系發育，改善秧苗量，促使移植后早日恢復生長，且可減少陰暗天氣、陽光不足對光合作用的不利影響，可提高秧苗的抗寒、抗病等能力。早、中稻育秧期間，正遇氣溫低，陰雨、光照不足的天氣多，增施鉀肥尤為重要。施用鉀肥能大大地減少爛秧，培育壯秧，從而提高產量。群眾早就有了早、中稻秧田施用草木灰作秧田基肥的經驗，用量每畝大約70-100kg。因灰肥除可直接供給秧田所需的鉀素及其它養分外，還有覆蓋、吸熱、保濕、防鳥害和使土壤疏松，秧苗易拔等優點。
隨著復種指數、化學氮、磷、鉀肥的增加和產量的提高，近年來我國一些地區出現水稻缺鋅，施用鋅肥效果顯著。在缺鋅的地區施用鋅肥作早、中稻秧田的面肥或葉面噴施鋅肥，保持秧苗體內具有一定的鋅濃度，能使移栽后早返青、早分蘗，有利于提高產量。