在蔬菜生產中施用有機肥，既可實現持續供應作物根層多種養分需求的目的，又可逐步提升菜地土壤的有機質與緩沖性能，并可減輕土傳病害和重茬障礙等多方面的重要作用。所以，蔬菜生產從來都重視有機肥的施用。但是，在現代集約型高產高效優質蔬菜產業發展中，除了繼續保持有機肥的投入以外，同時還有化肥的大量投入和大水大肥的交互投入。為了蔬菜生產的可持續發展，有必要對新形勢下有機肥施用的問題與科學策略做出新的評價。
當前菜地有機肥施用中所存在的問題其一，施用的數量大，養分投入過量，尤其氮、磷投入過量，致使局部地區已出現環境問題。例如，由于糞尿類、食品加工殘渣類有機肥都有含鹽量較高的特點，所以有機肥過量施用可能會導致土壤鹽分累積。
其二，有機肥種類單一，多為雞糞豬糞等畜禽糞尿類。以雞糞為例，含氮、磷養分較多，而碳氮比很低，這對土壤結構的調節功能是不足的。
其三，施用的性。例如，垃圾類有機肥中常含有重金屬及放射性物質等污染物；動物糞尿類有機肥，由于飼料添加劑的殘留也會有一定含量的重金屬，如鋅、銅、砷等；此外，秸稈類有機肥中往往還含某些病原微生物，如有害病菌和蟲卵等。從市場調查中還發現，有的商販為了使有機肥體積膨大，在糞尿肥中加入堿，這些堿性過強的有機肥會影響蔬菜生長等。一旦將這些問題有機肥施用到菜地，可能導致蔬菜產品中有害成分超標，構成對食品及環境的威脅。