沼肥是非常有利于作物的一種肥料，沼肥與堆漚的農家肥相比，各種有效養分的含量均高于農家肥，所以農作物施加沼肥是非常有好處的。但是在使用時要謹慎，否則會對農作物產生危害。有以下五點需要防范：
一、沼肥使用時出池后不可馬上施加，應該先在儲糞池中存放5-7天以后再進行使用；沼渣與磷肥要按照10:1的比例堆漚5-7天后再用效果更好。
二、沼肥使用時要添加一部分水才可施加，如果不這樣做有可能導致作物出現灼傷現象。所以沼肥作追肥時，要先兌水，一般兌水量為沼液的一半。
三、沼肥不可在表土上澆施。應該采取穴施和溝施的方法，施后蓋土。施用于水田時，應犁耙并均勻地撒施在田面上，然后用犁翻到底層。
四、用量要注意，不可過多使用沼肥。一般要比施普通豬糞肥少。
五、別與草木灰、石灰等堿性肥料混施，否則易造成氮肥的損失，降低肥效。